She said, 'Don't make others suffer for your personal hatred.' 奇跡の価値は

En 2000, le Second Impact se produit. Alors que la graine de Vie Adam vient de dévaster le complexe scientifique où il se trouvait, le Dr. Katsuragi sauve sa fille au péril de sa vie.

Le lendemain, alors que Gendō Ikari et Kōzō Fuyutsuki sont en expédition en Antarctique, des satellites détectent l'Ange Sahaquiel en orbite autour de la Terre. La créature largue à intervalles réguliers des parties de son corps qui atterrissent sur Terre en provoquant d'importants dégâts ; son objectif final étant de se laisser tomber sur Tokyo-3 pour anéantir la ville. En l'absence du Commandant, la charge revient à Misato de diriger toutes les opérations. Elle ordonne l'évacuation de la ville et imagine un plan aux chances de réussite infimes, d'après le superordinateur Magi. Malgré les critiques adressées par Ritsuko Akagi, Misato s'obstine à mettre en œuvre cette stratégie irréalisable. Elle consiste à placer les trois Evangelions à des points stratégiques de la ville, pour leur permettre de déterminer le point d'impact de l'Ange et de stopper sa chute à mains nues. L'opération est très risquée, le personnel de la NERV est donc réduit à son strict minimum pour éviter les potentielles pertes humaines. L'Evangelion Unité-01 arrive la première en dessous de l'Ange et bloque la chute de la créature qui exerce une grande force contre les mains de l'Eva. Les deux autres Evas arrivent peu de temps après en soutien. L'Eva-00 utilise son Progressive Knife pour percer l'A.T.Field de l'Ange pendant que l'Eva-02 transperce le core de Sahaquiel. L'Ange s'écroule et disparaît dans une gigantesque explosion. De retour à la NERV, les trois pilotes sont chaleureusement félicités pour leur exploit, en particulier Shinji qui reçoit les compliments de son père, ce qui ne lui était encore jamais arrivé.