Lilliputian Hitcher 使徒、侵入

Après un contrôle de maintenance du Magi par Ritsuko Akagi, assistée de Maya Ibuki, des tests de synchronisation sont prévus pour les trois pilotes d'Evangelion. Complètement nus, ils réalisent l'évaluation avec des unités de simulations. Alors que le protocole se déroule correctement, une anomalie est détectée sur une paroi de la salle de test. La situation s'aggrave rapidement à mesure que l'altération se propage sur le mur, obligeant l'évacuation des pilotes et l'annulation de l'expérimentation. En essayant de l'éliminer, les techniciens de la NERV dévoilent que l'anomalie est en réalité l'Ange microscopique Ireul. Des mesures de mise en quarantaine sont prises pour empêcher l'Ange de se déplacer à l'intérieur du quartier général, et il est ordonné l'évacuation des Evangelions pour éviter une contamination. Au même moment, Ryōji Kaji se rend secrètement dans les sous-sols du quartier général de la NERV.

La NERV tente de se débarrasser de l'Ange avec de l'ozone. Si cela ralentit sa progression dans les premières minutes, Ireul assimile rapidement cet élément qui ne lui fait bientôt plus aucun effet. Il évolue rapidement et pénètre dans le système information de Magi. Il commence à reprogrammer le système, mais est arrêté juste avant qu'il ne puisse activer l'autodestruction du superordinateur. Une réunion d'urgence est mise en place. Misato propose la destruction physique du Magi, ce que Ritsuko refuse catégoriquement avant de proposer une autre stratégie. Elle consiste à laisser l'Ange évoluer pour l'amener à une impasse évolutive provoquant sa propre mort. Pour mettre en place le stratagème, Ritsuko et Maya installe un programme dans le système de Magi. Après une course effrénée contre Ireul, elles parviennent à éliminer l'Ange et à relancer Magi sans problème.