He was aware that he was still a child. ネルフ、誕生

En 1999, Kōzō, professeur à l'université de Kyoto, fait la connaissance de Yui Ikari, une brillante élève dont les travaux de biologie métaphysique l'ont impressionné, ainsi que Gendō Rokubungi, un élève turbulent connu pour ses grandes ambitions. À sa grande surprise, l'universitaire apprend que les deux élèves viennent de débuter une relation, bien que certains soupçonnent Gendō d'avoir pour ambition de nouer des liens avec la SEELE, à laquelle les parents de Yui sont proches.

En 2002, deux ans après le Second Impact, Kōzō est désormais un médecin travaillant dans les ruines de Toyohashi. Approché par les Nations Unies, il rejoint un groupe de recherche en Antarctique pour enquêter sur les causes de la catastrophe. Il y retrouve Gendō, désormais marié avec Yui et père d'un enfant. Kōzō découvre que tous les membres du groupe de recherche ont été sélectionnés par la SEELE. Les informations rendues publiques dissimulent délibérément la vérité sur les raisons du Second Impact pour défendre des intérêts particuliers. Scandalisé, l'ancien professeur décide de confronter Gendō et le menace de révéler la vérité. Ce dernier alors à la tête de la Gehirn, un laboratoire sur l'évolution artificielle installé à Hakone, révèle à Kōzō le développement des Evangelions et du GeoFront, et lui propose de le rejoindre pour accomplir un objectif plus grand en échange de son silence. Face à la pression que la SEELE exerce sur lui, il est contraint d'accepter. Deux ans plus tard, Yui disparaît lors d'une expérience de contact menée sur l'Evangelion Unité-01. Dévasté par la disparition de son épouse, Gendō accepte de mettre en place le Plan de Complémentarité de l'Homme voulu par la SEELE, dans l'objectif secret de pouvoir la retrouver.