Rei III 涙

Misato Katsuragi écoute inlassablement le dernier message de Ryōji Kaji, désespérée de découvrir la vérité cachée par la NERV. Suite au combat contre Arael, Asuka Langley Sōryū a fugué chez son amie Hikari Horaki, et la lance de Longin est perdue dans l'orbite lunaire. Un nouvel Ange, Armisael, fait son apparition au-dessus de Tokyo-3. L'Evangelion Unité-00 est rapidement déployée sur place pour le neutraliser. Par surprise, la créature se précipite sur l'Eva-00 et transperce son armure pour l'infecter. L'Unité-02 est envoyée en renfort, mais le taux de synchronisation de sa pilote est insuffisant pour la rendre opérationnelle. Armisael entre en contact avec Rei Ayanami, et lui fait comprendre qu'ils souffrent tous les deux de solitude. Sans alternative, Shinji Ikari est envoyé à bord de l'Eva-01 pour secourir sa camarade. Cependant, l'Ange tente également de l'infecter. Pour éviter le pire, Rei parvient à contenir Armisael dans le core de son Eva, avant d'enclencher son autodestruction. La détonation vaporise l'Eva et l'Ange, ainsi qu'une large portion de Tokyo-3.

Une équipe de recherche de la NERV est envoyée pour récupérer les restes de l'Unité-00 et de sa pilote. Shinji est bouleversé par la brusque et violente disparition de Rei. Toutefois, à sa grande surprise, il est informé qu'elle a survécu à la déflagration et séjourne désormais à l'hôpital de la NERV. L'adolescente adopte un comportement étrange, beaucoup plus froid qu'à l’accoutumée, et ne semble pas se souvenir des événements qui se sont produits. Contrariée de la tournure des événements depuis plusieurs semaines, la SEELE convoque Gendō Ikari. Pour éviter toute confrontation, le Commandant envoie Ritsuko Akagi à sa place en la tenant pour responsable. Profondément meurtrie par cette humiliation, Ritsuko décide de se venger de son amant. Elle invite Shinji à la rejoindre à la NERV pour lui révéler le secret qui entoure Rei. Ils sont rejoints par Misato, et partent pour le Terminal Dogma où ils découvrent l'ancienne chambre et le cimetière où sont entassés les prototypes ratés d'Evangelion. Ils atteignent finalement une dernière salle dans laquelle sont conservés des clones de Rei dans une cuve de LCL. Ritsuko, dans un dernier acte de vengeance, déclenche la destruction de tous les clones.