The Beginning and the End, or 'Knockin' on Heaven's Door' 最後のシ者

La santé mentale et physique d'Asuka Langley Sōryū s'est fortement dégradée, obligeant l'adolescente à être hospitalisée. Pour la remplacer au pilotage de l'Evangelion Unité-02, l'institut Marduk a d'ores et déjà sélectionné un nouveau pilote nommé Kaworu Nagisa. Shinji Ikari le rencontre inopinément près des ruines de Tokyo-3. Les événements récents perturbent énormément le pilote de l'Eva-01, qui se lie rapidement d’amitié avec le Fifth Children. Kaworu fait naître en Misato Katsuragi certaines suspicions. En effet, il n'existe aucune information concernant les origines et le passé du garçon, et celui-ci possède un taux de synchronisation anormalement élevé. Pendant qu'elle mène des recherches avec la complicité de Makoto Hyūga, Shinji continue de se rapprocher de Kaworu. Ils partagent un bain et passent une nuit ensemble.

Le lendemain matin, Misato surprend Kaworu au milieu d'un lac lorsque celui-ci est en réunion avec la SEELE. Cependant, elle ne parvient pas à déterminer ce qu'il y fait précisément. Plus tard dans la journée, le garçon prend mentalement le contrôle de l'Unité-02, sans même pénétrer l'Entry Plug. Au centre de commandement, l'alerte est lancée lorsque la NERV découvre que Kaworu est en réalité un Ange. Avec son Evangelion, il se dirige vers le Terminal Dogma dans l'espoir d'y retrouver Adam, malgré le confinement de la zone par des portes blindées. Shinji, profondément trahi, est envoyé à bord de l'Unité-01 pour l'arrêter. Les deux Evangelions s'affrontent pendant que Kaworu continue de discuter avec Shinji. L'Ange atteint finalement son objectif, le Terminal Dogma, mais à sa grand surprise, il y trouve Lilith à la place d'Adam. Shinji arrive quelques secondes plus tard et saisit l'Ange qui ne n'oppose aucune résistance. Après un dernier échange entre les deux garçons et un long moment d'hésitation, Shinji élimine Kaworu en l'écrasant de la main de son Evangelion.