A Transfer 鳴らない、電話

Trois semaines sont passées depuis l'attaque de Sachiel. Shinji Ikari essaie de s'adapter à sa nouvelle vie à Tokyo-3, mais sa relation avec Misato Katsuragi ne s'améliore pas et la jeune femme s'inquiète du fait qu'il n'ait pas d'amis. Ritsuko Akagi compare cette situation au dilemme du hérisson. Récemment inscrit au collège de la ville, il peine à s'intégrer auprès de ses camarades de classe, qui découvrent rapidement qu'il est le pilote de l'Evangelion Unité-01. Pour se venger de sa sœur blessée lors de l'attaque de l'Ange, Tōji Suzuhara frappe Shinji qu'il tient comme responsable. Peu de temps après, l'Ange Shamshel apparaît. Tokyo-3 sonne l'alerte et les civils se réfugient dans les abris.

La NERV dépêche immédiatement l'Eva-01, pilotée par Shinji. Le garçon exécute les ordres sans protester et met en application les instructions apprises lors de ses entraînements. Cependant, cela ne s'avère pas suffisant et l'Ange prend vite le dessus face à l'Eva. Au même moment, Kensuke Aida demande à Tōji de l'accompagner à l'extérieur pour assister au combat. Au sommet d'une montagne, ils observent l'affrontement et s'y retrouvent mêlés lorsque Shamshel projette l'Evangelion tout près d'eux. Pour les mettre hors de danger, Misato ordonne à Tōji et Kensuke de se réfugier dans l'Entry Plug de l'Evangelion et demande ensuite à Shinji de battre en retraite. Cependant, le pilote désobéit, charge l'Ange et brise son core. À la suite du combat, Shinji s'effondre et laisse exprimer sa frustration et ses peurs devant Kensuke et Tōji.

Quelques jours après, Shinji est absent du collège. Tōji tente de l'appeler pour s'excuser d'avoir été violent avec lui, mais il finit par renoncer.