Hedgehog's Dilemma 雨、逃げ出した後

Après son combat contre Shamshel, Shinji Ikari quitte l'appartement de Misato. Le garçon erre seul, sans but, dans les rues de Tokyo-3, n'ayant que son walkman pour se distraire. Après une nuit passée dans le hall d'un cinéma de la ville, il prend un bus en direction de la campagne. Au quartier général de la NERV, Misato Katsuragi s'inquiète de la fugue du pilote et se sent responsable de son départ. Shinji passe la journée à déambuler dans les environs de Tokyo-3. Le soir venu, il rencontre par hasard Kensuke Aida en train de camper dans le cadre d'un jeu de survie en solitaire. Les deux adolescents passent la soirée ensemble autour d'un repas, et Kensuke tente de réconforter Shinji en lui expliquant que Tōji regrette de l'avoir frappé. Ils finissent par camper ensemble. Le lendemain, des agents du service de sécurité de la NERV encerclent le campement et conduisent Shinji au quartier général.

Alors que Shinji est maintenu en détention, Misato lui demande s'il souhaite toujours piloter l'Evangelion Unité-01, bien qu'il ne devrait pas le faire avec une telle attitude. Le garçon est finalement démis de ses fonctions et doit quitter Tokyo-3. Il est suggéré que le pilotage de l'Eva-01 devrait désormais être confié à Rei Ayanami. Shinji est conduit à la gare par les agents de la NERV, où il retrouve Tōji et Kensuke, venus lui faire leurs adieux. Il se sent coupable de ne rien faire pour rester en ville, ayant l'impression de fuir ses responsabilités une fois de plus. Au même moment, au quartier général de la NERV, Misato réalise que si Shinji avait accepté de vivre avec elle, c'était parce qu'il cherchait une famille. Elle se précipite alors à la gare dans l'espoir de le retrouver avant son départ. À sa grande surprise, il n'est pas monté dans le train qui devait l'emmener hors de la ville. Finalement, Shinji accepte de rester auprès de Misato et de respecter ses engagements de pilote.