Rei II 決戦、第3新東京市

L'Ange Ramiel est arrivé à Tokyo-3 et vient de neutraliser l'Evangelion Unité-01 d'une puissante attaque. Stationné au-dessus des rues de la ville, il commence à percer une à une les couches de protection du GeoFront à l'aide d'un foret. D'après les estimations du superordinateur Magi, il devrait atteindre son objectif en moins de 15 heures. Face à l'impossibilité d'approcher quelconque arme car la créature élimine toute menace dans un rayon proche en plus de se protéger à l'aide de son A.T.Field, Misato Katsuragi élabore une stratégie mettant à contribution l'Eva-00 et 01 pour effectuer un tir à très longue portée. Estimée à seulement 8,7% de réussite, l'opération est risquée. Toutefois, le Commandant Ikari donne son approbation pour mettre en place cette mission surnommée "Opération Yashima". Pour ce faire, la NERV réquisitionne un prototype de fusil à positron à la JSSDF, et le connecte à l'ensemble du réseau électrique du Japon puisque l'arme nécessite d'être alimenter par toute l'énergie du pays.

Plus tard dans la soirée, l'opération arrive dans ses ultimes préparatifs. Misato fait un dernier briefing aux pilotes avant de les laisser se mettre en tenue pour rejoindre leur Evangelion. Shinji et Rei ont l'occasion de parler une dernière fois avant le début de la mission. Le garçon en découvre davantage sur les motivations de Rei, qui souhaite piloter uniquement parce qu'elle a le sentiment d'un devoir envers l'humanité, quelles que soient les conséquences. L'Opération Yashima débute. À bord de l'Unité-01, Shinji réalise un premier tir alors que Ramiel riposte. Les deux attaques se frôlent et manquent de peu leurs cibles. Sans attendre, Shinji prépare son second tir, mais l'Ange le prend de court. Cependant, l'Unité-00 intercepte le tir avec son bouclier. Aussitôt, Shinji ajuste le tir et fait feu à nouveau. Cette fois-ci, il atteint sa cible et Ramiel s'écrase inerte dans les rues de Tokyo-3.