Evangelion Unit-00

Comme pour toutes les Evangelions, à l'exception de l'Evangelion Unité-01, la méthode de création de l'Unité-00 demeure inconnue. Il est seulement établi qu'elle constitue le premier prototype fonctionnel après une longue série d'échecs. On peut en déduire que le processus de création a été perfectionné avec l'Eva-00, ou qu'une nouvelle approche a été adoptée. Il est également révélé que le design original du prototype d'Eva a été déterminé il y a bien longtemps, puisque Kozo Fuyutsuki observe une maquette d'Unité-00 en 2003 avec la même combinaison de couleur orange et blanche ainsi que le même casque. La NERV parvient à développer un modèle fonctionnel, désigné sous le nom "EVA-00 PROTOTYPE", qui sert de base pour les futures Eva. Elle est testée avec Rei Ayanami, désignée comme sa pilote attitrée, et passe plusieurs tests d'activation. Lors d'un de ces tests, l'Unité-00 entre en mode berserk, entraînant d'importants dégâts dans la salle de test et causant des blessures graves à sa pilote. Immobilisée à l'aide de la Bakélite, l'Eva-00 demeure inactive pendant plusieurs semaines pendant les réparations et les ajustements nécessaires.

L'Evangelion Unité-00 redevient fonctionnelle peu de temps avant l'arrivée de l'Ange Ramiel, suite à un test d'activation favorable. C'est une bonne nouvelle pour la NERV qui, pour lutter contre son nouvel ennemi, doit déployer ses deux Evangelions lors d'une opération exceptionnelle. L'Evangelion Unité-01 doit réaliser un tir avec un fusil à positron pendant que l'Unité-00 assure sa protection à l'aide d'un bouclier spécial. La mission est couronnée de succès, bien que l'Eva-00 soit gravement endommagée. Shinji vient rapidement à son aide et porte secours à Rei.