Evangelion Unit-01

Après le Second Impact et la disparition d'Adam, la SEELE finance la société scientifique Gehirn pour créer un clone de la graine de vie. Ces recherches sont dirigées par Gendo Ikari, en collaboration avec son épouse Yui Ikari, ainsi que Naoko Akagi et Kozo Fuyutsuki. L'organisation réalise plusieurs expériences non concluantes, puis tente de créer un clone à partir de la graine de vie Lilith. En 2004, cette tentative s'avère finalement fructueuse, permettant à la Gehirn de planifier une expérience de contact pour insuffler une âme au géant. Yui Ikari se porte volontaire comme sujet de test. Simulant un accident, elle se laisse emporter dans le core de l'Eva. Malgré cet échec apparent, les recherches sur les Evangelions se poursuivent. En quête de sauver l'âme de Yui, Naoko Akagi met en place une mission, qui se solde par un échec.

En 2015, onze ans après sa création, l'Evangelion Unité-01 est opérationnelle en vue de l'arrivée imminente des Anges. Pour la piloter, Gendo fait appelle à son fils Shinji Ikari. Le garçon accepte la mission à contrecœur. Malgré l'absence d'entrainement, il est envoyé au combat contre Sachiel. La créature domine facilement son opposant et lui brise le bras et le crâne sans difficulté. Cependant, acculée, l'Unité-01 entre dans un état de folie furieuse et élimine l'Ange avec rage et violence, sans que Shinji n'en soit le responsable. L'Eva sort presque indemne de ce combat. Elle est à nouveau déployée contre Shamshel quelques jours plus tard, et ne subit que des blessures mineures. L'affrontement contre Ramiel s'avère cependant plus difficile. Lors de leur premier face à face, l'Ange parvient à percer l'armure de l'Unité-01 grâce à son tir censé être mortel. Pour le vaincre, la NERV met un place une opération d'envergure permettant à l'Eva-01 de faire feu avec un fusil à positron surpuissant. Pour la protéger contre l'attaque de Ramiel, l'Evangelion Unité-00 est déployée en soutien, munie d'un bouclier. La mission se conclut par un succès.